静かな夜の東京。OL・佐藤美咲の体内に滑り込んだ体長3ミリの影。
一週間後、彼女の子宮を破って現れたのは、甲殻類と爬虫類を掛け合わせたような異形の存在だった――。

都内23病院で同時に発生した「人間を孵化装置（インキュベーター）とする」エイリアンの侵入。
人間のDNAを取り込んで爆発的に増殖・進化する怪物たちにより、首都・東京は瞬く間に封鎖区域へと変わり果てる。

絶望が街を覆う中、政府は極秘プロジェクトを発動。
選ばれたのは、世界で0.001％しか存在しない「寄生抗体」を持つ5人の少女たち。
彼女たちに与えられたのは、ナノテクの超振動兵器であり、同時にフェロモンで敵をおびき寄せる極限の戦闘服――「ピンクとミニスカートのスーツ」だった。

「こんな格好で戦うなんて、正気ですか？」

葛藤しながらも、自らの意思で戦うことを選んだ5人の「ミニスカライダー」。
宿主の意識を残した怪物、新宿を踏み荒らす巨大要塞、そして成層圏に潜む宇宙船……。
肉体の変貌という過酷な代償を払いながら、若い女性たちは人類最後の夜明け（ラスト・トワイライト）を掴み取るため、極限のバトルに身を投じる！